Audit Aplikasi SPBE Instansi Pusat dan Pemerintah Daerah dilaksanakan berdasarkan standar dan tata cara pelaksanaan Audit Aplikasi SPBE.
Audit Aplikasi SPBE terdiri atas:
1. Audit Aplikasi Umum
2. Audit Aplikasi Khusus
Standar/pedoman audit dapat berupa standar internal Instansi Pusat/Pemerintah Daerah, standar/pedoman nasional, atau standar/pedoman internasional.
Tingkat Kematangan Audit Aplikasi SPBE :
1. Instansi Pusat/Pemerintah Daerah telah melakukan kegiatan Audit Aplikasi namun masih bersifat sementara (adhoc).
2. Instansi Pusat/Pemerintah Daerah telah melakukan Audit Aplikasi SPBE melalui program kegiatan yang sesuai dan selaras dengan Peta Rencana SPBE Instansi Pusat/Pemerintah Daerah, namun pemeriksaan hanya meliputi sebagian hal pokok teknis yang disyaratkan. Pelaksanaan Audit Aplikasi SPBE dilakukan secara rutin minimal 2 tahun sekali.
3. Instansi Pusat/Pemerintah Daerah telah melakukan Audit Aplikasi Khusus secara rutin minimal 2 tahun sekali dan audit telah dilakukan pada seluruh hal pokok teknis yang disyaratkan.
4. Instansi Pusat/Pemerintah Daerah telah melakukan Audit Aplikasi secara rutin minimal 2 tahun sekali dan audit telah dilakukan terhadap seluruh hal pokok teknis yang disyaratkan, dan/atau telah melakukan evaluasi terhadap hasil Audit Aplikasi SPBE.
5. Instansi Pusat/Pemerintah Daerah telah melakukan Audit Aplikasi secara rutin minimal 2 tahun sekali dan audit telah dilakukan pada seluruh hal pokok teknis yang disyaratkan, dan telah melakukan evaluasi terhadap hasil audit, serta telah menindaklanjuti hasil evaluasi secara berkesinambungan.